La vie est un combat constant pour la survie. C’est ce que nous montrent les documentaires animaliers qui passent à la TV l’après-midi.  Cependant, il existe aussi d’autres combats aussi importants à une échelle beaucoup plus réduite que les savanes africaines. Il s’agit des batailles que livrent les cellules entre elles. Nos animaux de compagnie ont des organismes, au sein desquels, chaque cellule participe à des batailles épiques et intenses. Pour que nos animaux ne tombent jamais malade, il faudrait pouvoir anticiper toutes les infections causées par les micro-organismes. Cela pourrait se faire, au moyen de vaccins et anitbiotiques mais il reste encore un long chemin à parcourir avant de réussir à nous immuniser face à la grande variété de pathogènes qui attendent le meilleur moment pour pouvoir nous «utiliser» à leur convenance. Jusqu’à présent, nous pouvons seulement baser notre stratégie de défense sur la prévention et la détection précoce des maladies. Pour cet article, nous etudierons le processus d’analyse réalisé par un laboratoire de biologie moléculaire pour diagnostiquer la présence (ou non) du virus PBFD (Psittacine Beak and Feather Desease aussi appelé Virus du Bec et des Plumes).

Les Batailles de la Vie

Imaginez une ville fortifiée. Les murailles de pierre délimitent  son périmètre et la protègent contre toute attaque. Les villageois veulent rester en sécurité. Les attaquants cherchent à entrer et s’emparer de tout ce qui se trouve à l’intérieur de la ville. Chaque cellule de nos perruches  est semblable à une ville fortifiée et le circovirus aviaire (virus responsable du PBFD) est celui qui essaie d’entrer pour prendre le contrôle de ses ressources. Le circovirus est un petit brin d’ADN enveloppé qui attend son moment pour utiliser la machinerie cellulaire. C’est un parasite intracellulaire, qui, une fois à l’intérieur de l’organisme, insère son ADN et prend le contrôle de toutes les ressources cellulaires qui se mettront alors à son service pour se dédier exclusivement à sa reproduction. On peut dire que le virus est aussi un organisme qui se bat pour assurer sa survie.

A la recherche de l’ADN perdu (dans le En busca del ADN escondido (dans le sang!) 

Les circovirus ne s”attaquent pas à n’importe quelle cellule. Ils infectent les cellules de croissance des follicules des plumes, du bec et des griffes des oiseaux. Est-ce que cela signifie que nous pouvons seulement savoir s’il y a un virus PBFD à partir d’échantillons de ces tissus? Nous avons expliqué au début, l’importance de faire de la prévention ou, à défaut, d’identifier une infection à temps. Les vétérinaires, les éleveurs, et les propriétaires d’animaux s’efforcent de diagnostiquer la maladie le plus rapidement possible, avant que le virus ne se répande. Les virus, tout comme beaucoup d’atures pathogènes, utilisent la circulation sanguine pour atteindre les autres cellules de l’organisme infecté. Les techniques génétiques nous permettent aujourd’hui d’identifier ces “sentinelles” infectieuses qui parcourent le corps de leur hôte pour trouver de nouvelles “citadelles”. Dans une certaine mesure, les techniciens de laboratoire sont les gendarmes de la route qui cherchent  à capturer le pathogène. Un virus circulant librement dans le sang est entouré de milliers de cellules hôtes. Quand on cherche à identifier une maladie par des techniques génétiques, il s’agit de retrouver parmi  des milliers de copies du même ADN de l’hôte, une seule copie de l’ADN de l’agent pathogène. Cependant, le “gendarme de la route” du laboratoire garde un atout dans sa manche qui s’appelle la PCR : la réaction en chaîne de la polymérase (PCR), également utilisée pour le test de sexage moléculaire. Cette technique permet d’obtenir des millions de copies de tout fragment de l’ADN du circovirus nécessaire pour le différencier du matériel génétique de l’hôte. De cette façon, nous pouvons augmenter la proportion de l’ADN de l’agent pathogène dans nos tests et réussir à  presque faire disparaître la proportion de l’ADN de l’animal analysé.

Une fois la PCR réalisée, on obtient des millions de copies d’ADN dans un seul tube, dissoutes dans un liquide généralement transparent. Comment savoir si ces copies proviennent du circovirus et, par conséquent, si le diagnostic est correct? Les techniciens de laboratoire déterminent la séquence du génome qu’ils souhaitent utiliser pour copier l’ADN.

L’ ADN est constitué d’unités plus petites appelées « bases nucléiques ou bases azotées” qui se combinent entre elles, formant une sorte de chapelet, qui détermine la longueur (la dimension) des fragments amplifiés.

Pour le test de diagnostic de PBFD, le laboratoire n’étudie pas la composition des fragments mais vérifie si la longueur obtenue coïncide (ou pas) avec les dimensions recherchées. On obtient les fragments après avoir soumis le mélange issu de la PCR, à un champ électrique et on les compare à des fragments standars de contrôle, après les avoir introduits et laisser prendre dans un gel d’agarose (en milieu solide) pour pouvoir comparer leurs tailles. Si le nombre de base nucléiques de ce “chapelet” correspond à celui que nous avons amplifié, nous pourrons confirmer que l’échantillon analysé est porteur du virus PBFD.

Il faut souligner que tous les pathogènes ne passent pas par le sang. Le sang n’est pas toujours l’échantillon le plus adéquat pour le dépistage de maladie par test moléculaire. C’est pour cela que les laboratoires d’analyse clinique peuvent demander parfois des échantillons de tissu ou d’écouvillon (cloacal ou buccal) à la place du sang, selon la maladie à analyser. Quel que soit le type d’échantillon à envoyer , ne vous inquiétez pas : les techniciens de laboratoire agiront comme les gardiens de vos animaux et rechercheront les pathogènes pour améliorer la santé de vos oiseaux.